Cả hai loài đều bị đe dọa bởi sự hủy hoại môi trường sống, và loài chồn bay Philippines từng được IUCN đánh giá là loài dễ bị tổn thương. Năm 1996, IUCN tuyên bố loài này là dễ bị tổn thương do sự phá hủy các khu rừng đất thấp và săn bắn. Chúng được đánh giá lại là ít quan tâm vào năm 2008, nhưng vẫn phải đối mặt với các mối đe dọa tương tự. Ngoài việc dọn sạch môi trường rừng nhiệt đới đang diễn ra, chúng còn bị săn bắt để lấy thịt và lông. Nó cũng là con mồi ưa thích của một loài nguy cấp, đại bàng Philippines; một số nghiên cứu cho thấy chồn bay chiếm 90% khẩu phần ăn của loài đại bàng này.